边境牧羊犬的耳朵构造特殊，耳道内易积聚油脂、灰尘及水分，耳毛密集处更易滋生耳螨。若长期忽视耳部护理，耳垢堆积引发炎症，或耳螨繁殖导致感染，均会威胁犬只健康。掌握正确的耳部清洁方法与耳螨、耳垢的区分技巧，是边境牧羊犬日常护理的关键环节。
清洁边境牧羊犬耳朵前，需准备酒精棉球、3%碳酸氢钠滴耳液或2%硼酸水、小镊子、硼酸甘油滴耳液等工具。先用酒精棉球擦拭外耳道消毒，避免细菌交叉感染；再将滴耳液滴入耳垢处，待干涸耳垢软化后，用镊子轻夹取出。操作时镊子不可深入耳道超过1厘米，若犬只突然摇头需立即停止，防止刺伤鼓膜或耳道黏膜。若耳道已有炎症，可改用4%硼酸甘油滴耳液、2.5%氯霉素甘油滴耳液或可的松新霉素滴耳液，每日3次滴入耳道，缓解红肿症状。
耳垢与耳螨的物理特性差异显著。耳垢多为灰尘混合油脂形成，质地干燥易碎，用棉签轻碾即可成粉末状；耳螨分泌物则呈油性，类似自行车链条的黑色污垢，质地黏腻难以碾碎。若犬只频繁抓挠耳朵、摇头，或耳道散发恶臭（非犬只本身腥味），且清洁后异味仍存，则需高度怀疑耳螨感染。耳螨寄生时，耳道内可见暗褐色蜡质渗出物，有时覆盖鳞状痂皮，用耳镜观察可发现细小白色或肉色螨虫在渗出物上移动。
预防耳部疾病需从日常护理入手。定期修剪耳道附近长毛，避免毛发遮挡耳道导致通风不畅；洗澡时用棉球堵塞耳道，防止洗发剂或水流进入；清洁后用干棉球吸干耳道残留水分，保持干燥环境。若犬只已感染耳螨，需隔离治疗并彻底消毒生活环境，防止螨虫传播至其他宠物或人类（耳螨可能引发皮肤瘙痒）。治疗期间避免使用刺激性清洁剂，以免加重耳道黏膜损伤。
需特别注意，耳螨感染可能引发继发性脑膜炎。若犬只出现癫狂、抽搐、平衡失调等症状，需立即就医检查脑部是否受累。日常观察中，若耳道渗出物呈黄绿色脓性、伴随高热或食欲不振，亦可能是细菌感染的征兆，需通过耳镜检查确认病原体类型，针对性使用抗生素或抗寄生虫药物。
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